In 2003 begon de Marikenloop met een eerste editie door de wijk en het park Brakkenstein. De afstanden waren ook toen al 5 en 10 kilometer. Het parcours verschilde echter zeer van het parcours dat de loopsters dit jaar afleggen. Kloppend hart was ook toen al het toen net opgeleverde Universitair Sportcentrum Gymnasion, met alle moderne faciliteiten. Aan de eerste editie deden ruim 1448 loopsters mee. Twee Nijmeegse loopsters, Miranda Boonstra (1e) en Susan Kuijken (3e) vielen in de prijzen op de 5km. De 10km werd een prooi voor Marleen van der Graaff.
De tweede editie telde al bijna 2000 loopsters. Het parcours in het park was verlaten voor het prachtige lentegroene parcours door de wijk Brakkenstein en het Heumensoord. Vivian Ruijters (5km) en Pauline Claessen (van het eigen Seven Hills Running Team) waren de winnaressen.
In 2005 kende het deelnemersaantal een flinke groei. Via 3819 deelneemsters in 2005, stonden er in mei 2006 maar liefst 5662 loopsters aan de start. In deze periode werd ook begonnen met het inrichten van een heuse sportmarkt, die door de loopsters druk bezocht werd. In 2005 kende de Marikenloop ook haar eerste buitenlandse winnares in de persoon van Doris Changeywo uit Kenia. Zij liep ook de tot dusver snelste tijd in de historie van de Marikenloop: 16.23 min. Een jaar later was Miranda Boonstra weer terug in haar eigen Nijmegen om de Marikenloop op haar naam te schrijven.
In 2007 werd voor het eerst de grens van 7000 loopsters overschreden en ook in 2008 zette die opgaande lijn voort. Met weer een buitenlandse winnares (Juanee Cilliers) en Jacqueline Rustidge die in beide jaren de 10km wist te winnen, had het podium weer een goede bezetting.
Voor de laatste editie hadden zich ruim 9000 vrouwen ingeschreven en de weergoden waren de "ladies" goed gezind. Dit jaar is er gekozen voor een nieuw "goed doel", een doel dat ook in 2010 gecontinueerd wordt: "Because I'm a girl", de campagne van Plan Nederland die opkomt voor meisjes wereldwijd, mocht een cheque van in ontvangst nemen. De mooie roze shirts werden door de vele loopsters ook met trots gedragen, met als opdruk: "I run because I am a girl". De winnaressen van de laatste edities waren Ezbe Strydom(Zuid Afrika) en Corinne Spaans op resp. 5 en 10 kilometer.
