Die Geschichte des Marikenloop begann im Jahr 2003 mit einem Lauf, der durch den Stadtteil und den Park Brakkenstein führte. Schon damals gab es eine 5 km- und eine 10 km-Strecke. Allerdings war die Strecke noch eine ganz andere als die, welche die Läuferinnen in diesem Jahr absolvieren. Herz der Veranstaltung war ebenfalls das damals gerade erst fertiggestellte und das mit allen modernen Einrichtungen versehene Universitäts-Sportzentrum Gymnasion. An der ersten Auflage nahmen 1.448 Läuferinnen teil. Und auf dem Siegerpodest des 5km-Laufs standen sogar zwei Läuferinnen aus Nimwegen, nämlich Miranda Boonstra (1. Platz) und Susan Kuijken (3. Platz). Die 10 km gewann Marleen van der Graaff.
Die zweite Auflage zählte bereits fast 2000 Läuferinnen. Die Streckenführung im Park wurde gegen eine schöne frühlingsgrüne Strecke durch den Stadtteil Brakkenstein und den Heumensoord eingetauscht. In diesem Jahr gewannen Vivian Ruijters (5 km) und Pauline Claessen (aus dem eigenen Seven Hills Running Team).
Das Jahr 2005 verzeichnete einen deutlichen Sprung in der Zahl der Teilnehmer. Waren im Jahr 2005 noch 3.819 Teilnehmerinnen am Start, gingen im Mai 2006 es nicht weniger als 5.662 Läuferinnen an den Start. In dieser Periode wurde auch mit der Einrichtung eines echten Sportmarktes begonnen, der von den Läuferinnen gut besucht wurde. 2005 hatte der Marikenloop mit Doris Changeywo aus Kenia seine erste ausländische Siegerin. Sie lief mit 16:23 Minuten auch die bisher schnellste Zeit in der Geschichte des Marikenloop. Ein Jahr später war es Miranda Boonstra, die wieder in ihre Heimatstadt zurückkehrte, um den Marikenloop zu gewinnen.
2007 wurde erstmalig die Marke von 7.000 Läuferinnen geknackt. Ein Aufwärtstrend, der sich auch 2008 fortsetzte. Mit einer weiteren ausländischen Siegerin (Juanee Cilliers) und Jacqueline Rustidge, die in beiden Jahren die 10 km gewann, war das Siegerpodest wieder gut besetzt.
Für diese Auflage hatten sich mehr als 9.000 Frauen angemeldet und auch die Wettergötter waren den Frauen gut gesonnen. In diesem Jahr wurde zudem ein neuer guter Zweck gewählt und zwar einer, der auch 2010 unterstützt wurde: “Because I’m a girl”, die Kampagne von Plan Nederland, die sich weltweit für Mädchen einsetzt, erhielt einen Scheck. Mit Stolz trugen die vielen Läuferinnen die schönen rosa Shirts mit dem Aufdruck: “I run because I am a girl”. Die Siegerinnen der letzten Auflagen waren Ezbe Strydom (Südafrika) und Corinne Spaans auf 5 bzw. 10 Kilometer.
Der Lauf 2010 wurde zu einer denkwürdigen Auflage mit einer echten Weltspitzenläuferin am Start. Die mehrfache Weltmeisterin und Rekordhalterin Lornah Kiplagat nutzte den Marikenloop, um nach langer Verletzungszeit ihr Comeback auf den Straßenstrecken zu feiern. Sie gewann das Rennen mit einem neuen Streckenrekord von 15:56 Minuten. Kiplagat war deutlich schneller als Miranda Boonstra und Gladys Kipsoi, die es mit Zeiten von 16:18 bzw. 16:20 Minuten auf das Podest schafften. Die 10 km wurden von Marlies Overbeeke in einer Zeit von 36:19 Minuten gewonnen. Und auch der Sportmarkt war mit mehreren Ständen, an denen u.a. auch Obst, Marikenbrote und Blumen verkauft wurden, größer denn je. Den Firmenlauf gewann (zum wiederholten Male) das Team der niederländischen Polizei.
Am 15. Mai 2011 wurde Miranda Boonstra zum dritten Mal in der Geschichte die Siegerin des 5 km-Laufs, gefolgt von Heleen Plaatzer auf dem zweiten Platz. Marije te Raa vervollständigte das Podest. Der Firmenlauf verzeichnete eine Rekordteilnahme: nicht weniger als 181 Teams erschienen in den Ergebnissen. Der Sportmarkt war gemütlich. Neu war der Kinderplatz, wo es für die jüngsten Fans viel zu tun gab.
Die zehnte Auflage war eine ganz Besondere: Wegen des Jubiläums schenkte die Organisation allen Läuferinnen eine kostenlose Startnummer. Dies führte zu einer Rekordzahl von 12.358 Läuferinnen am Start. Es war aber ein sehr heißer Tag, sodass es keine superschnellen Zeiten gab. Die Schnellste auf den 5 km war Ruth van der Meijden, die Merel de Knegt und Miranda Boonstra auf die Plätze 2 und 3 verweisen konnte. Für Jacqueline Rustidge gab es zudem einen doppelten Triumph: Nicht nur gewann sie die 10 km, sondern konnte mit ihrem Team der niederländischen Polizei auch den Firmenlauf gewinnen.
Im Jahr 2013 überquerte Susan Kuijken die Ziellinie in Rekordzeit und pulverisierte den Streckenrekord von Lornah Kiplagat. Mit 15:43 Minuten war sie sogar 13 Sekunden schneller als die Kenianerin. Ruth van der Meijden wurde Zweite, gefolgt von Kim Dillen. Nach einer verletzungsreichen Zeit wurde die dreifache Siegerin Miranda Boonstra nun Fünfte. Auf den 10 km ging der Sieg an Laurey van den Berge. Die Bedingungen für die Läuferinnen waren fast ideal, lediglich während des Warming-Up für den 10 km-Lauf (wiederum unter der Leitung von Annamarie Thomas) hatte es geregnet. Dies tat der guten Stimmung allerdings keinerlei Abbruch. Der neue gute Zweck des Marikenloop, die Stiftung KiKa, war ebenfalls anwesend, um einen Scheck von über 16.000,- € entgegenzunehmen.
Der Marikenloop hatte ein schönes Teilnehmerfeld aus niederländischen Spitzenläuferinnen, von denen Ruth van der Meijden die Schnellste war: Sie gewann diese warme Auflage vor Jamie van Lieshout und Sabine van de Reijt. Auf den 10 km kam die Duathletin Joyce Vrijenhoek als Erste im Ziel. Es gab keine Spitzenzeiten, weil die Bedingungen dafür wohl etwas zu heiß waren. Der Sportmarkt hatte eine Metamorphose durchgemacht und war noch größer und stimmungsvoller als zuvor. Auch viele Musikaufführungen trugen zu einer guten Stimmung bei. Mirella van Markus nahm im Namen von KiKa den Scheck für den guten Zweck entgegen und lief auch selbst mit.
Im Jahr 2015 standen zwei Läuferinnen vom Nimwegener Verein Cifla auf dem Podest: Irene van Lieshout war die Schnellste, Jamie van Lieshout (ebenfalls Cifla) wurde Dritte und Kim Dillen aus Eindhoven machte das Podest komplett. Auf den 10 km war Pauline Claessen wieder da. Die Halterin des Streckenrekords war teilweise zu ihrer eigenen Überraschung als Erste aller Läuferinnen zurück im Ziel. Und auch die MarikenloopExpo war noch einmal größer und stimmungsvoller als im Jahr zuvor.
Die Auflage 2016 stand unter dem Zeichen von Schlechtwettervorhersagen. Am Tag selbst ging es wettermäßig aber gut aus; lediglich während der Startprozedur der 10 km hatte es zu regnen begonnen. Für die Läuferinnen waren die Bedingungen, angesichts der schnellen Zeiten, günstig. Ruth van der Meijden gewann mit der drittschnellsten Zeit überhaupt, und auch Irene van Lieshout war beim Marikenloop schneller denn je. Dazu lief Mariska Dute eine starke persönliche Bestzeit. Die MarikenloopExpo bot in diesem Jahr ein umfangreiches Bühnenprogramm mit u.a. Musik, Stangentanz, Hula-Hoop und einer Sportmodenschau.
Im Jubiläumsjahr (15. Auflage) wurde das Ruder komplett herumgerissen. Der Marikenloop wurde erstmals zum einem Lauffestival für Frauen. Der Marikenloop at the Park hatte einen neuen Standort mit vielen Aktivitäten neben dem Laufen. Es gab eine Shoppingzone, eine Food-Truck-Zone, Massagezelte sowie Workshops, in denen die Teilnehmer (aber auch Begleitpersonen) neue Sportarten ausprobieren konnten. Auf der großen Bühne sorgten die Crazy Pianos für musikalische Unterhaltung und eine tolle Party. Aber natürlich wurde auch sehr schnell gelaufen, vor allem von den ersten drei Frauen auf den 5 km. Ruth van der Meijden gewann ihren vierten Titel, Irene van Lieshout wurde Zweite und Kim Dillen holte sich Bronze.
In diesem Jahr durften zum ersten Mal auch Männer teilnehmen. Am Samstagnachmittag beim Trail-Edition, die mit über 2.500 Läufern und Läuferinnen einen fliegenden Start hatte. Der Samstagabend stand im Zeichen der Men‘s-Edition über 5 und 10 km. Der Sonntag war traditionell den Frauen vorbehalten, welche die Wahl zwischen drei Strecken hatten. Susan Krumins war die strahlende Siegerin. Am Sonntagmorgen fand zudem der KION Kinderloop statt: ein Lauf für alle Grundschulkinder, die im Karussell einen besonderen Spaß hatten.