In 2003 begon de Marikenloop met een eerste editie door de wijk en het park Brakkenstein. De afstanden waren ook toen al 5 en 10 kilometer. Het parcours verschilde echter zeer van het parcours dat de loopsters dit jaar afleggen. Ook in 2003 was het kloppend hart het toen net opgeleverde Universitair Sportcentrum Gymnasion, met alle moderne faciliteiten. Aan de eerste editie deden ruim 1448 loopsters mee. Twee Nijmeegse loopsters, Miranda Boonstra (1e) en Susan Kuijken (3e) vielen in de prijzen op de 5km. De 10km werd een prooi voor Marleen van der Graaff.
De tweede editie telde al bijna 2000 loopsters. Het parcours in het park was verlaten voor het prachtige lentegroene parcours door de wijk Brakkenstein en het Heumensoord. Vivian Ruijters (5km) en Pauline Claessen (van het eigen Seven Hills Running Team) waren de winnaressen.
In 2005 kende het deelnemersaantal een flinke groei. Via 3819 deelneemsters in 2005, stonden er in mei 2006 maar liefst 5662 loopsters aan de start. In deze periode werd ook begonnen met het inrichten van een heuse sportmarkt, die door de loopsters druk bezocht werd. In 2005 kende de Marikenloop ook haar eerste buitenlandse winnares in de persoon van Doris Changeywo uit Kenia. Zij liep ook de tot dusver snelste tijd in de historie van de Marikenloop: 16.23 min. Een jaar later was Miranda Boonstra weer terug in haar eigen Nijmegen om de Marikenloop op haar naam te schrijven.
In 2007 werd voor het eerst de grens van 7000 loopsters overschreden en ook in 2008 zette die opgaande lijn voort. Met weer een buitenlandse winnares (Juanee Cilliers) en Jacqueline Rustidge die in beide jaren de 10km wist te winnen, had het podium weer een goede bezetting.
Voor deze editie hadden zich ruim 9000 vrouwen ingeschreven en de weergoden waren de "ladies" goed gezind. Dit jaar is er gekozen voor een nieuw "goed doel", een doel dat ook in 2010 gecontinueerd wordt: "Because I'm a girl", de campagne van Plan Nederland die opkomt voor meisjes wereldwijd, mocht een cheque van in ontvangst nemen. De mooie roze shirts werden door de vele loopsters ook met trots gedragen, met als opdruk: "I run because I am a girl". De winnaressen van de laatste edities waren Ezbe Strydom(Zuid Afrika) en Corinne Spaans op resp. 5 en 10 kilometer.
De editie van 2010 werd een gedenkwaardige met een heuse wereldtopper aan de start. Meervoudig wereldkampioen en recordhoudster Lornah Kiplagat benutte de Marikenloop om haar rentree te maken in het wegcircuit na een lange blessuretijd. Zij won de wedstrijd in een nieuw parcoursrecord van 15.56 minuten. Kiplagat had een ruime voorsprong op Miranda Boonstra en Gladys Kipsoi die in respectievelijk 16.18 en 16.20 minuten het podium completeerden. De 10km werd gewonnen door Marlies Overbeeke in een tijd van 36.19 minuten. De sportmarkt was groter dan ooit met verschillende kramen die o.a. ook fruit, Marikenbroden en bloemen verkochten. De bedrijvenloop was (wederom) een prooi voor Politie Nederland.
Op 15 mei 2011 werd Miranda Boonstra voor de derde keer in de geschiedenis de winnares van de 5km, op een tweede plek gevolgd door Heleen Plaatzer. Marije te Raa maakte het podium compleet. De bedrijvenloop kende een recordaantal teams, maar liefst 181 teams komen in de uitslag voor. De sportmarkt was gezellig en nieuw was het kinderplein waar veel te doen was voor de jongste supportertjes.
De tiende editie was een hele speciale: vanwege het jubileum trakteerde de organisatie alle loopsters op een gratis startbewijs. Dit had tot gevolg dat er een recordaantal loopsters van 12.358 loopsters aan de start. Het was een zeer warme editie en supersnelle tijden zaten er over het algemeen niet in. Ruth van der Meijden was de sterkste op de vijf kilometer en verwees Merel de Knegt en Miranda Boonstra naar het tweede en derde plan. Voor Jacqueline Rustidge was er een dubbele triomf: zij schreef niet alleen de tien kilometer op haar naam, maar wist met haar team van Politie Nederland ook nog eens de Bedrijvenloop te winnen.